はげしく便利な、キーボード/マウスに加えてクリップボードまで共有できてしまうsynergyですが、サーバをLinux、クライアントをWindows XP SP2としたときに、なぜかWindows側でコピーをしてもWindows側もLinux側もクリップボードに何も入らない=Windows側でコピー&ペーストができなくなってしまいました。
原因は、Linux側でxclipboardというアプリケーションを動かしていたためでした。詳細は調べてませんが、こいつがLinux側のクリップボードを横取りしてクリアしてそれに対応してWindows側のクリップボードもクリアされてしまっているようでした。
因みに、キーボードはLinuxにHHKをつなげていて、Metaキーは
Option "LeftAlt" "Meta" Option "RightAlt" "Meta"
としているのですが、これはLinux側の~/.synergy.confに
section: screens linux: windows: meta = alt end
と書けばWindows側でAltと認識されました。