VirtueDesktopには特定Desktopに特定アプリケーションを割り当てる(bind)する機能があって、FirefoxはMainに表示、ParallelsはSubに表示、なんてことができます。フツーにアプリを起動すれば（「ログイン項目」から起動した場合もOK）指定したDesktopに表示…